Vers un dépistage massif de la COVID-19 ? Le test salivaire EasyCOV

Publié par Fatéma Dodat le 11 septembre 2020


Fatéma Dodat est candidat doctorale en Sciences Pharmaceutiques à la Faculté de Pharmacie et à l'Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie (IRIC) de l'Université de Montréal.
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Version originale publiée sur Point-Science

«Testez, testez, testez» est le leitmotiv de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) depuis le début de la pandémie. Néanmoins, un dépistage massif requiert un test de détection rapide, simple et efficace. Pour y répondre, des chercheurs français ont effectué une véritable course contre la montre en laboratoire afin de produire et commercialiser ce test en un temps records. Celui-ci, appelé EasyCOV1, nécessite un échantillon de salive et fournit les résultats en 1h. Retour sur ce test et son mode d’action.

Principe du test EasyCOV

Développé par trois entités du groupe ALCEN2 (Tame-Care, SkillCell et Alcediag (Sys2Diag / CNRS) à Montpellier (France), ce test repose sur la technologie d’amplification isotherme médiée par boucle de transcription inverse (RT-LAMP)3. Cette technique, particulièrement efficace pour détecterune large gamme de virus, est utilisée pour amplifier du matériel génétique à partir de quantité infime d’ADN. Dans ce cas-ci, elle permet d’identifier si un individu est positif ou non à la COVID-19 à partir d’un échantillon salivaire.

Pour ce test4, l’échantillon de salive est prélevé à l’aide d’une pipette et placé à 65°C pendant 30 min, afin d’inactiver les composants de la salive pouvant nuire à la réaction. Ensuite, l’échantillon est transféré dans un nouveau tube contenant les réactifs chimiques nécessaires à l’amplification. Dans le cas du SARS-CoV-2, il faut au préalable transformer l’ARN du virus en ADN. Cette étape se fait par le biais d’une enzyme appelée transcriptase reverse.

L’ADN est ensuite amplifié en mélangeant :

  • -quatre amorces, qui sont des copies du gène recherché - dont deux sont des copies des extrémités du gène et les deux autres des parties internes du gène.
  • -une enzyme appelée ADN polymérase, qui a pour rôle de copier l’ADN en ajoutant des nucléotides (les lettres du code génétique) entre les amorces.
  • -des nucléotides qui servent de matériel d’ajout.

Le tube est ensuite placé dans un dispositif de chauffage constant à 65°C pendant 30 min. L’amplification du matériel génétique est alors amorcée, avec la formation de structures en boucles, d’où le nom de la technique.

L’ajout d’un colorant intercalant comme le SYBR green permet une détection colorimétrique, qui induit une couleur jaune pour une salive positive au SARS-CoV-2 et une couleur orange si elle est négative. Pour un résultat plus précis, le tube peut être analysé à l’aide d’une application mobile EasyCov Reader développée à cet effet. Développée par la société VOGO5, cette application peut donner trois types de résultats : positif, négatif ou ambigu. En plus d’automatiser l’analyse des résultats à travers cette application, VOGO assure également l’hébergement et la gestion sécurisée des données de santé.

Comparaison avec le test classique (RT-qPCR)

Sensibilité :

Ce test a été comparé au test de dépistage classique à l’aide d’un essai clinique réalisé en double aveugle sur 130 patients dans un centre hospitalier de Montpellier – dont 7 ont été exclus en raison d’une quantité insuffisante de matériel salivaire pour la détection. Les auteurs indiquent dans leur étude6 (non revue par des pairs) que la plupart des échantillons évalués négativement par la technique classique ont donné les mêmes résultats à l’aide de leur test innovant. À l’issue de cette étude, la spécificité* et la sensibilité** du dépistage par EasyCOV ont été évaluées respectivement à 95,7% à 72%.

Certaines études suggèrent7 que les analyses de salive seraient plus sensibles et les résultats plus reproductibles que les prélèvements nasopharyngés, actuellement utilisés.

Simplicité :

Le test classique de détection de la COVID-19 se fait à partir de prélèvements nasopharyngés à l’aide d’un écouvillon. Cette technique, qui est estimée peu douloureuse, est cependant désagréable8 car l’écouvillon est introduit assez loin dans la cavité nasale. Aussi, il requiert d’être mené par des équipes médicales qualifiées et comportent un risque de contamination9 du personnel soignant. Grâce au test EasyCOV, la collecte est moins invasive pour le patient qui peut le réaliser lui-même et le risque de contamination est également diminué.

Par ailleurs, contrairement à la technique classique où l’amplification du matériel génétique fonctionne par cycles répétés avec des variations de température nécessitant un thermocycleur, cette technologie ne nécessite qu’un simple dispositif de chauffage.

Rapidité:

En général, les patients attendent un à plusieurs jours pour l’obtention des résultats du dépistage à la COVID-19 car l’analyse est réalisée en laboratoire. Avec EasyCOV, l’étape d’extraction d’ARN est évitée ce qui représente un gain de temps considérable. En tenant compte de toutes les étapes listées précédemment, le test prend environ 1h.

Il peut donc être réalisé à différents endroits qui nécessitent une réponse rapide et ne peuvent inclure les étapes de collecte et transport d’échantillons, ou encore d’analyse au laboratoire et de traitement de données, telles que les aéroports.

* Spécificité : capacité à ne détecter que les malades et avoir le moins de faux positifs
** Sensibilité : capacité à détecter un maximum de malades et avoir le moins de faux négatifs

Fatéma Dodat est candidat doctorale en Sciences Pharmaceutiques à la Faculté de Pharmacie et à l'Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie (IRIC) de l'Université de Montréal.
Avec une double formation en sciences pharmaceutiques et en biologie moléculaire, je suis passionnée par la recherche et la compréhension des avancées, défis et controverses scientifiques. Par ailleurs, j’aime rendre la science accessible et intéressante au plus grand nombre. C’est une des raisons pour lesquelles j’ai créé cette plateforme de vulgarisation scientifique qui publient des articles d’étudiants aux cycles supérieurs et jeunes chercheurs :https://fr.point-science.com/

References


Catégorie : Vaccins et produits thérapeutiques