SARS-CoV-2 fabriqué en laboratoire? Vraiment?

Publié par Aïssatou Aïcha Sow le 27 octobre 2020


Aïssatou Aïcha Sow est une candidate au doctorat en virologie moléculaire à l’INRS, Centre Armand-Frappier Santé Biotechnologie. Sous la supervision du Pr Chatel-Chaix, ses travaux portent sur les virus de la dengue et Zika.
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La pandémie COVID-19 a apporté avec elle un lot de changements mais aussi une multitude de théories. Parmi ces dernières, nous retrouvons la théorie selon laquelle le virus SARS-CoV-2, responsable de la maladie COVID-19, a été conçu par l’homme en laboratoire. En effet, Luc Montagnier, lauréat d’un prix Nobel, déclarait le 17 avril 2020 à la télévision française qu’« on a ajouté à ce modèle (coronavirus) des séquences du VIH (...)». Depuis, cette théorie a été nourrie par certains, rejetée par d’autres. Tentons d’y voir plus clair.

L’origine de cette théorie.

Cette théorie est née en janvier 2020 suite à une étude d'un groupe indien publié le 31 du même mois. Normalement, pour être publiée, une étude est révisée par des pairs, des experts du domaine. Dans ce cas ci, l'étude a été publiée sans révision. La conclusion de l'étude était que: “La découverte de 4 inserts uniques dans le 2019-nCoV (maintenant appelée SARS-CoV-2), qui ont tous une identité / similitude avec des résidus d'acides aminés dans des protéines structurales clés du VIH-1, ne sera probablement pas fortuite ni naturelle.“ ("The finding of 4 unique inserts in the 2019-nCoV, all of which have identity /similarity to amino acid residues in key structural proteins of HIV-1 is unlikely to be fortuitous in nature.") Cette conclusion laisse sous-entendre que parce que le virus SARS-CoV-2 contient 4 petites parties ressemblant à celles du virus d'immunodéficience humain VIH, il a été créé par l'homme en laboratoire.

Bien évidemment, plusieurs chercheurs et experts ont trouvé cette conclusion hâtive et non fondée. Le 2 février, l'équipe indienne rétracte son article. Mais les dés sont jetés. La théorie est alors reprise sur les réseaux sociaux. Dr Montagnier, nobéliste, surenchérit et déclare dans les médias que le virus a été créé par l'homme, le fruit d’un “travail de professionnel”. Mais qu’en est-il réellement?

Les faits.

En utilisant des outils qui sont disponibles, prêtons nous à un exercice de vérification: est-ce que le SARS-CoV-2 a été créé à partir du VIH?

1) Le VIH et le SARS-COV-2 sont des virus à ARN, c’est-à-dire que leur bagage génétique est contenu dans une molécule d’ARN. Nous allons utiliser Blast ‘Basic Local Alignment Search Tool’ https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi. Cet outil bio-informatique permet de comparer des séquences* afin de trouver d’éventuelles similarités. Dans notre cas, nous allons comparer 2 séquences d'ARN.

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2) Lorsque les virus sont isolés, leur matériel génétique peut être séquencé. Ces séquences deviennent disponibles sur les sites bio-informatiques et nous y avons accès gratuitement. La séquence du SARS-COV-2 isolé à Wuhan est disponible ici https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1798174254 et celle du VIH l’est ici https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/9629357 Une fois séquencé, le matériel génétique porte un numéro: ‘accesion number’. Comme un prénom, mais sous forme de lettres et chiffres.

Entrons les accessions numbers de ces deux virus et comparons les: SARS-CoV-2: NC_045512.2 VIH: NC_001802.1 . Lançons la comparaison des deux séquences en cliquant sur BLAST

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Résultats:

“No significant similarity found. For reasons why,click here". Il n’y pas de similarité significative trouvée. Ah!

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3) Ré-essayons en étant beaucoup moins stricts dans nos paramètres. Nous cherchons la séquence du SARS-CoV-2 dans celle du VIH. Nous voulons toutes séquences partagées, qu’elles soient similaires ou très peu similaires. Cherchons également les similarités ‘hasardeuses’(Limite du Expect-value* de 10).

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Lançons une nouvelle fois la recherche en cliquant sur BLAST.

Résultats: Des similitudes sont trouvées. En effet, il y a une séquence de ~ 38 nucléotides qui est plus ou moins similaire. D’une part, il s’agit de 38 nucléotides sur 29903 et donc 0,12% sur l'ensemble du génome. D’autre part, cette similarité est très certainement le fruit du hasard car le Expect-Value* est de 3,9. Or, plus le Expect-Value s’éloigne de 0, plus la chance de trouver ce fragment similaire dans une autre séquence de même taille est grande.

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4) Je me suis amusée à chercher la séquence du SARS-CoV-2 dans celle de différents virus et organismes. De toutes petites séquences sont partagées par SARS-CoV-2 et les virus de la dengue, du Chikungunya… Aussi, je trouve des similarités avec le.. chien et l’orque!! Est-ce qu’on peut se permettre de dire que le SARS-CoV-2 a été créé en laboratoire à partir de ces virus et de ces animaux terrestre et marin?! Bien sûr que non.

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La conclusion.

Si l’origine même du SARS-CoV-2 reste à déterminer, nous pouvons d’ore et déjà exclure l’hypothèse d’une création à partir du VIH. Comme disait Simon-Lorière de l'Institut Pasteur: «Si on prend un mot dans un livre et que ce mot ressemble à celui d’un autre livre, peut-on dire que l’un a copié sur l’autre?». La réponse est bien évidemment: “non”!


Aïssatou Aïcha Sow est une candidate au doctorat en virologie moléculaire à l’INRS, Centre Armand-Frappier Santé Biotechnologie. Sous la supervision du Pr Chatel-Chaix, ses travaux portent sur les virus de la dengue et Zika.

Glossaire:

  • *Séquence: Une séquence d'ARN est un "enchaînement" de nucléotides. Le nucléotide est l’unité de base de l’ARN. Il existe 4 nucléotides pour l’ARN: A, U, C et G .
  • * Expect-value: “The E value (expected value) is a number that describes how many times you would expect a match by chance in a database of that size. The lower the E value is, the more significant the match” https://ase.tufts.edu/chemistry/walt/sepa/Activities/BLASTpractice.pdf

Catégorie : Sciences fondamentales